La campaña 1990-1991 se planificó con la experiencia de gente curtida en Primera y se alcanzaron los 17.500 socios. El objetivo era el ascenso. Tuvo que ser otra vez en los últimos compases cuando se decidió el futuro del Club coruñés, pero después de los años de sufrimiento en Segunda, se consiguió el merecido premio. Tras ganar al Murcia el color blanquiazul se extendió por A Coruña y por toda Galicia: el Dépor era, dieciocho años después, de Primera.

Tras un duro año de regreso, en el que se logró la permanencia tras una igualadísima Promoción frente al Betis, comenzó el despegue. Ese mismo verano, en el que el Club se convierte en Sociedad Anónima Deportiva, aterrizan en A Coruña, desde Brasil, Mauro Silva y Bebeto.

A partir de ese momento se sucedieron las buenas noticias. Una remontada ante el Real Madrid en Riazor supuso el nacimiento del equipo conocido como “SuperDépor”, que logró el honorífico título de “campeón de invierno” y alcanzó la primera clasificación del Club para competición europea. Medios de comunicación del mundo entero visitaban A Coruña para encontrar la respuesta a cómo un equipo de una ciudad de un cuarto de millón de habitantes era capaz de hacer sombra a los gigantes del fútbol español.

Después de perder de la manera más trágica posible, en 1994, una Liga que dominó prácticamente de cabo a rabo, llegó el segundo título oficial de la historia, 83 años después del primero, la Copa del Rey de 1995, unida a un nuevo subcampeonato liguero y al tercer trofeo, la Supercopa de España.

La marcha de Arsenio Iglesias de un banquillo blanquiazul que se volvió más inestable que nunca, además de la salida de Bebeto, supuso un punto de inflexión. El Dépor dejó de pelear por la Liga, aunque alcanzó las semifinales de la Recopa de Europa y una tercera plaza en la división de honor, antes de lograr el mayor éxito de su historia.

Tras alcanzar, en el primer año con Javier Irureta en el banquillo, una nueva clasificación para la Copa de la UEFA, el Club herculino conquistó la Liga de Primera División en la temporada 1999-2000, convirtiéndose así en el noveno equipo en hacerlo, después de Barcelona, Athletic Club, Real Madrid, Betis, Atlético de Madrid, Valencia, Sevilla y Real Sociedad. El Deportivo conseguía de este modo la clasificación directa para participar, por primera vez en su historia, en la Liga de Campeones de Europa. Y, al inicio de la temporada siguiente, levantaba un nuevo trofeo, el quinto de su Historia, al imponerse al Espanyol en la Supercopa de España.