Si la década anterior arrancó con el Dépor en la cúspide, el segundo decenio del Siglo XXI dio inicio con malas noticias. Un aciago curso desde su arranque concluyó con el Club coruñés, veinte años después, en Segunda División. Pese a mantener una cierta distancia con la zona de descenso con solo cinco jornadas por disputar, una combinación de resultados positivos de diversos rivales directos con varios reveses blanquiazules, incluída una derrota frente al Valencia en Riazor en la última jornada, enviaron al pozo al equipo que dirigía Miguel Ángel Lotina con un dudoso récord, el del descenso con más puntos de la historia de la Primera División: 43.

La afición coruñesa fue vital para devolver con prontitud a su equipo a la élite. Se alcanzaron los 25.000 socios, cifra récord desde los años en los que el equipo disputaba la Liga de Campeones. La mayor parte de los pesos pesados de la plantilla se quedaron en A Coruña para ayudar a recuperar la categoría. Bajo la dirección de José Luis Oltra, al Dépor le costó arrancar en los primeros meses de competición. Sin embargo, acabó batiendo el récord de puntos de la Segunda División (91) y firmando la mejor racha de victorias consecutivas de la historia del Club (7).

El regreso fue efímero. Otro ejercicio con un equipo prácticamente nuevo en su totalidad finalizó con un nuevo descenso a Segunda, sellado con otro tropiezo en Riazor en la última jornada, en esta oportunidad ante la Real Sociedad. Lejos de los terrenos de juego, el Club vivió sus días más complicados. El descenso administrativo a Segunda B y la posible desaparición del Club se evitaron sobre la hora límite, las 23.59 horas del 31 de julio de 2013.

En su período más reciente y tras el ascenso a Primera División de la temporada 2013-14, el Dépor mantendría la categoría durante 4 temporadas, la 3ª etapa en su historia con mayor número de participaciones en la máxima categoría de manera consecutiva. Cabe destacar la agónica salvación en el Camp Nou frente a un Barça campeón de Liga en la 14-15.

Sin embargo, en la campaña 17-18 llegaría el descenso a Segunda, donde se iban a disputar 2 temporadas. En la primera, el Dépor llegaría a la última fase de un Play-Off agónico frente al RCD Mallorca sin llegar a lograr el objetivo. La temporada siguiente se ratificaría un nuevo descenso, esta vez a la tercera categoría del fútbol español, tras una última jornada frente al CF Fuenlabrada no disputada en horario unificado debido a un brote de contagios por el COVID-19 en el equipo madrileño y con el cuadro coruñés matemáticamente descendido.

Comienza, después de este descenso, otro de los períodos más críticos del Club a nivel deportivo: 4 temporadas en 1ª Federación, incluidos dos Play-Off frustrados frente al Albacete BP y CD Castellón.

En la temporada 22-23, Lucas Pérez regresa al equipo de su corazón para liderar el nuevo y ambicioso proyecto del RC Deportivo, protagonizando uno de los movimientos más emotivos del fútbol español. Finalmente, “La Piña” batiría todos los registros de puntos y abonados en la temporada 2023-2024 para confirmar de nuevo su ascenso directo al fútbol profesional. Además del ascenso directo, el Club se proclama campeón de Primera RFEF al imponerse en la final a doble partido al CD Castellón. Este título convierte al RC Deportivo en el único club con el honor de ser campeón de las tres primeras categorías del fútbol español.